Antik çağın sonlarında karanlık, akıldışı ve gericiler tarafından hedef haline gelmesine rağmen boyun eğmeyen kararlı duran bilinçli, sorgulayan ve sorgulatan bir kadın filozofun hikayesi anlatılır filmde.
(bkz: hypatia), milattan sonra 370-415 yılları arasında yaşayan bir kadındır. Matematikçi, filozof, astronomi dehasıdır. Kendisi de matematikçi olan (bkz: iskenderiye kütüphanesi) müdürü (bkz: theon’)un kızıdır. İskenderiye Kütüphanesi'nde felsefe, matematik ve astronomi üzerine dersler vermiştir. Bilim karşısındaki her türden dogmatik düşünceye karşıdır. Yaşadığı yıllar ROma imparatorluğunun parçalanmaya başlandığı yıllardır. çoğunluğunu pagan dinine sahip kişilerin oluşturduğu dönemde hristiyanlık yeni yeni yayılmaya başlamıştır. açlık, yoksulluk ve artan sömürünün biriktirdiği öfke Hıristiyanlık üzerinden kendini dışa vurur. Hristiyanlık halka cenneti, zenginliği ve adaleti vaat eder. imparatorluk hristiyanlığa geçenlere yönelik saldırdıkça hristiyan cemaatlerinin romanın soylularının pagan inancına yönelik saldırıları artar. Hristiyanlığı kabul edenlerin sayısı artar. ROma imparatorluğu hristiyanlığı kabul eder ve resmi din olarak ilan eder.
Hypatia'nın babası da pagan inancına mensuptur. Hristiyan dini liderlerinin dikkatini çeker. Hristiyan dini liderler Hypatia'yı hristiyan olmaya zorlarlar. Bunu başaramayınca da onu cadı olarak ilan ederler ve hedef olarak gösterirler. Hıristiyanlığın hırslı ve dar kafalı dini lideri (bkz: cyril)’in hedefi haline gelir. Cyril’in kandırdığı insanlar tarafından sokakta yakalanarak bir kiliseye kadar sürüklenir. Çırılçıplak soyularak bedeni parçalanır.
filmde geçen anlamlı ve bugün de güncelliğini koruyan bir anekdot ise Hypatia'nın farklı dinlere mensup öğrencilerine söylediği söz; "bizi birleştirenler, ayıranlardan daha fazla, biz kardeşiz".
