avrupa dönüşünde, katolik ve üstüne bir de rahip olduğu için, kendisine yerleşecek bir eyalet bulamamış ve en sonunda japonya'nın o dönemki kozmopolit eyaleti nagasaki'ye sığınmıştır. burada da rahipleri eğitme işiyle uğraşmış. 1612 yılında, 43 yaşındayken de ölmüş.